Le CNMHE est un organe consultatif et non administratif. Les membres du Comité pour la mémoire et l’histoire de l’esclavage nommés par le gouvernement remplissent leur mission à titre gracieux et aucun d’entre eux, y compris celle ou celui qui est désigné pour en assurer la présidence, ne perçoit d’indemnité. Peuvent seulement être pris en charge d’éventuels frais de déplacement ou d’hébergement engagés dans l’exercice des missions du Comité pour la mémoire et l’histoire de l’esclavage. Ces frais sont plafonnés et imputés au budget de fonctionnement annuel du comité.

Le CNMHE est doté d’un budget de fonctionnement fixé annuellement et imputé au ministère en charge de l’Outre-mer. Le secrétaire général, institué en 2009 et nommé par arrêté ministériel, est rattaché au ministère de l’Outre-mer, 27 rue Oudinot, 75007 Paris.

Le CNMHE n’a pas de budget d’intervention et n’accorde aucune subvention. Les actions concernant la mémoire et l’histoire de la traite, de l’esclavage et de leur abolition, qu’il s’agissent des commémorations, de la conservation et de la mise en valeur des sources et du patrimoine, de l’enseignement, de la recherche ou de la coopération internationale, ou encore de l’aide matérielle apporté à des événements, relèvent de financement propres à chacun des ministères concernés, ou dépendent de l’engagement d’institutions publiques, de collectivités territoriales et de financements privés.